Сюжет игры повествует о войне людей (Космические Силы Объединённых Наций) и ковенантов (союза нескольких инопланетных рас). Люди упорно, изо всех сил, сражаются, но все же сдают свои позиции на всех фронтах. Последней надеждой может стать проект «Новых спартанцев» (SPARTAN-II) — суперлюдей, которые призваны уничтожить ковенантов. Все научные силы по этому проекту базируются на планете Рич. Но ковенанты находят Рич и уничтожают планету вместе с новыми спартанцами. Спастись удаётся всего одному кораблю — «Pillar Of Autumn» («Столп Осени»), именно в этом корабле транспортируется последний выживший «Спартанец» — Master Chief (Джон-117). Его забрали военные в возрасте 6 лет, а его родителям оставили клона. Так что они даже не подозревают о великой судьбе своего сына. Почему выбор пал именно на Джона? Потому что у него очень развитый интеллект, реакция и ловкость, не характерные для его ровесников. Он мог складывать трёхзначные числа в уме, мог предсказать на какую сторону упадёт подброшенная монета и многое другое. Именно за него предстоит играть. Корабль совершает слепой прыжок в гиперпространство и выходит из него рядом с таинственным инопланетным артефактом под кодовым именем Halo (Ореол — см. Гало)… Оказывается что данное кольцо является священным местом для ковенантов, да и корабль «Правда и Примирение» (Truth and Reconsilliation) Ковенантов сумел отследить прыжок «Столпа Осени», и начал безжалостную атаку на корабль. Их действия заставляют разморозить Мастера Чифа и послать на инструктаж к капитану корабля Кизу(captain Keyes). Мастер Чиф забирает Кортану-программу, управляющую кораблем(которая сыграет немаловажную роль после), и поспешно уходит со Столпа осени в последней спасательной капсуле.

Стоит отметить что игра была явно вдохновлена романами из серии Мир-Кольцо Ларри Нивена, а также предыдущей игрой от Bungie — Marathon.

В отличие от большинства шутеров, Master Chief может иметь при себе только два вида стрелкового оружия. Игра требует тактического подхода, так как преимущество в силе и технологии на стороне чужих. Также имеются два типа гранат — человеческая (осколочная) и ковенантская (плазменная). Плазменные гранаты могут «прилипать» к живым существам и транспортам — причём удалить их уже не получится.

Броня Master Chief-а генерирует силовое поле, которое защищает его от повреждений. Поле слабеет от выстрелов, ударов и взрывов, но постепенно восстанавливается вне поля боя. Здоровье можно восполнять аптечками.

Человеческое оружие не многим отличается от современного. Огнестрельное оружие плохо работает против силовых полей, но очень хорошо против незащищённых тел. Энергетическое оружие ковенантов — наоборот. Master Chief может подбирать и использовать любое оружие чужих, кроме энергетических мечей и топливных пушек — они отключаются или взрываются после смерти хозяев. Также он может управлять транспортными средствами. Человеческие машины — внедорожник «Вартхог» и танк «Скорпион» — позволяют пехоте садиться в машину и стрелять, пока Master Chief ведёт. Транспорты чужих — парящий мотоцикл «Призрак» и истребитель «Баньши» — одноместные. Также существует мобильная гаубица «Привидение», но возможности управлять ею в игре нет (в Halo 2 это возможно).